日吉メディアセンターは、学部1・2年生向けの資料を豊富に揃えた日吉図書館をはじめ、日吉を拠点とする3つの研究科のための協生館図書室、教員の調査・研究をサポートする来往舎レファレンスライブラリーなど、複数の図書館・図書室を統合的に運用し、日吉キャンパスの学習・教育・研究活動を多方面から支援しています。キャンパスの入口に建つ、”船”をモチーフとした日吉図書館は、胸躍らせやってくる新入生を見知らぬ「知」の世界への航海に導き、そして専門課程のキャンパスへと送り出しています。